Les cinéphiles se souviennent de son premier long-métrage avec Vincent Cassel et Monica Bellucci : Dobermann (1997). En 2004, Jan Kounen dirige à nouveau Vincent Cassel dans Blueberry, l’Expérience Secrète avec Michael Madsen et Juliette Lewis. Il met en scène Jean Dujardin dans 99 francs en 2007 puis réalise Coco Chanel et Igor Stravinsky avec Anna Mouglalis et Mads Mikklesen (2009).
En 2020 il signe une comédie, Mon Cousin, avec Vincent Lindon et François Damiens. Jan Kounen est un voyageur, il parcourt le monde et expérimente. Accompagné par le spécialiste Steven Surina, il plonge avec les requins dans Sharkwave et révèle à quel point il est nécessaire de changer leur image pour mieux les protéger. Le Paris Shark Fest est fier d’accueillir Jan Kounen comme parrain de la seconde édition !
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